Covid-19 - La traque aux variants s’organise

Face à un volume d’activité croissant, la plateforme de dépistage Covid du CHU de Poitiers diversifie les techniques pour déterminer si le virus est présent sous sa forme commune, dans une version britannique ou autre.

Jusqu’à présent, face au variant britannique, la plateforme de dépistage Covid du laboratoire de virologie du CHU de Poitiers cumulait la technique de la RT-PCR puis celle du génotypage. La première permettait d’identifier rapidement les patients infectés par la Covid-19 et d’extraire les profils potentiellement porteurs du variant britannique. Pour infirmer ou confirmer sa présence, les vingt-six techniciens de laboratoire procédaient ensuite à un séquençage. Autrement dit, ils regardaient si, à un endroit donné, le génome présentait une mutation caractéristique dudit variant. Une méthode déjà utilisée en virologie de routine pour le VIH ou encore les hépatites B et C mais chronophage par temps de crise. « C’est une pratique laborieuse, explique le P^r Nicolas Lévêque, responsable de la plateforme de dépistage. Il faut compter entre deux et trois jours pour vérifier 10 à 20 profils suspects quand le RT-PCR permet d’en passer 200 en une demi-journée. Au début, nous avions 4 à 5 profils suspects par semaine, mais aujourd’hui nous en avons 20, 30, 40… De plus, cette méthode de dépistage oriente vers le variant britannique mais elle est inadaptée pour les variants sud-africain ou brésilien. » En d’autres termes, grâce à cette technique, on cherche le variant que l’on connaît, pas celui que l’on ne connaît pas.

Vers un séquençage global

Depuis jeudi dernier, la plateforme de dépistage a changé de stratégie et mis en place un deuxième RT-PCR, spécifique, dit « de criblage », permettant de « rechercher une mutation et ainsi d’identifier tel ou tel type de variant ». Une technique plus rapide que le séquençage mais qui, une fois encore, a ses limites : elle permet de rechercher uniquement une mutation connue. Or, sous la pression de la vaccination, il est probable que le virus tente de s’échapper à travers de nouveaux variants.

Une troisième stratégie, de surveillance, est donc d’ores et déjà envisagée. « Nous devons aller vers un séquençage de nouvelle génération, global, afin d’analyser la totalité du génome et ainsi aller vers des variants non connus. » Les automates adéquats sont déjà utilisés au CHU en cancérologie ou en génétique mais « cette technique n’est jusqu’à présent pas utilisée en virologie de routine dans notre laboratoire », 
précise le P^r Levêque. Reste donc à son équipe, durant les prochaines semaines, à « apprendre cette nouvelle technologie tout en gérant l’activité quotidienne ». « Pour l’instant, il n’y a pas d’explosion, nous observons un nombre significatif mais constant de cas positifs. Le taux de positivité est de 4 à 6% aujourd’hui contre 10% en novembre ». Sur 200 tests positifs en moyenne par semaine, entre 10 et 20% sont évocateurs du variant britannique, à confirmer ou pas.

CHU de Poitiers